Речной окунь обитает преимущественно в равнинных водоёмах: реках, озёрах, прудах и водохранилищах, однако встречается и в высокогорных озёрах (на высоте 1000 м).
Окунь в основном придерживается прибрежной зарослевой зоны водоёма, а также искусственных или естественных препятствий, любит участки с обилием водной растительности. Речной окунь старается избегать участков водоёма с низкой температурой и быстрым течением, он отсутствует в верховьях рек с холодной ключевой водой.
Максимальная глубина обитания окуня — 30 м. Однако есть достоверные данные о нахождении окуня на более значительных глубинах, например, на глубине 80 м в Боденском озере и Онежском озере.
Летом небольшие окуни предпочитают держаться в заросших водной растительностью заводях и заливах. В этот период окунь образует небольшие стаи (около 10 рыб), только у молодых особей стаи могут достигать численности около 100 штук. Окунь любит находиться рядом со сваями разрушенных мельничных плотин, у больших камней и коряг. Благодаря своей зеленоватой покровительственной окраске окуни успешно охотятся на мелкую рыбу, устраивая засады среди водных растений. Крупные окуни живут в более глубоких местах: омутах, ямах, зачастую закоряженных, откуда выходят в утреннее и вечернее время для охоты. Средняя скорость движения окуня — 0,66 м/с. Для молодых окуней характерна стайная охота, только самые крупные особи начинают охотиться в одиночку. Речной окунь использует весьма агрессивную модель охоты, он активно преследует жертву, иногда выскакивая за ней даже на поверхность воды. Иногда окунь так увлекается преследованием, что в погоне может выскочить на мель и даже на берег. Во время нападения у окуня топорщится спинной плавник. Более крупные окуни могут поджидать свою жертву в засаде, подобно щуке или судаку.
Речной окунь — сумеречно-дневной хищник, который охотится в светлое время суток с пиком активности на границе дня и ночи. Ночью активность окуня резко снижается. Основным фактором, влияющим на активность и рост окуня, является температура воды. Также на активность окуня влияют продолжительность светового дня, структура пищевого рациона, содержание кислорода в воде. У окуня наблюдается существенное изменение интенсивности обменных процессов как при повышении, так и при понижении содержания кислорода в воде.
В глубоких озёрах летом даже крупный окунь старается держаться на меньших глубинах, чем зимой.
В летний период окунь предпочитает места, где снижение уровня кислорода в воде менее чувствительно. Установлено, что на вертикальное распределение окуня в водоёме с июля до наступления осеннего похолодания большое влияние оказывает термоклин.
Осенью окуни собираются в большие стаи (численностью в крупных водоёмах до тысячи и более особей), которые мигрируют на более глубокие и открытые места. В водохранилище в зимний период окунь концентрируется на русловых участках, ограниченных бывшими берегами запруженной реки. В холодное время года окунь держится в придонной части водоёма. Глубина, на которой располагается зимой окунь, может быть весьма значительной.
Зимой окунь также активен в светлое время суток с повышением активности в сумеречные часы и отсутствием активности в ночное время.
Окунь, в основном, потребляет узкотелых рыб. Наиболее часто жертвами взрослого окуня становятся малоценные с точки зрения промыслового лова рыбы: колюшки, гольяны, молодь плотвы.
Речной окунь является одним из популярных объектов любительского рыболовства. В ряде водоёмов улов рыболовов-любителей и браконьеров в несколько раз превышает промысловый.
Окунь меньше боится шума, чем другие виды рыб. Эта рыба отличается жадностью и смелостью. Пойманный окунь сначала оказывает упорное сопротивление, но довольно скоро утомляется. Окунь может быть пойман с помощью естественных или искусственных приманок. Исследование зарегистрированных случаев поимки крупных окуней (массой более 1,35 кг) в Англии с 1900 по 1988 годы выявило, что 32 % окуней было поймано на червя, 26 % на живую рыбу, 17 % на личинки насекомых, 9 % на блёсны, 6 % на мёртвую рыбу, 9 % на другие приманки. Окунь ловится с помощью разнообразных снастей: поплавочная удочка, спиннинг, донная удочка, дорожка, нахлыст, кружки, отвесное блеснение. Наиболее популярными из вышеперечисленных способов являются ловля поплавочной удочкой и спиннигом.
При поплавочной ловле наиболее подходящим считается удилище длиной 4—7 м, оснащённое высококачественной леской диаметром 0,08 мм и крючком № 20. Тактика ловли состоит в постоянном поиске рыбы, ориентируясь на места стайной охоты (боя). В качестве приманки наиболее употребительны червь, мотыль, личинка ручейника, пиявка, на крупных реках — опарыш. Иногда необходима прикормка, состоящая из мелкого или крупного мотыля. Как насадка для крупного окуня также используется живец (мелкая рыбка) — чаще всего верховка или уклейка. На растительные насадки окунь за крайне редким исключением не попадается.
В конце XX века большую популярность приобрела спиннинговая ловля окуня. Считается, что ловля окуня не требует дорогих и качественных снастей, но при этом окунь гораздо разнообразнее других европейских видов хищных рыб в поведении и реакции на приманки. Наиболее подходящим для спиннинговой ловли окуня считается удилище длиной 2,4 м средне-быстрого строя с тестом (максимальная масса забрасываемой приманки) до 12 г. Леска для ловли окуня рекомендуется плетёная. Если в водоёме присутствует щука, добавляется металлический поводок. Для поимки речного окуня, в отличие от многих других пресноводных европейских рыб, используется значительное количество спиннинговых приманок, из них в качестве основных — вращающиеся блёсны, воблеры, джиговые приманки. Воблеры и вращающиеся блёсны наиболее часто используются в летний период; джиговые приманки, применение которых основано на ступенчатой проводке, считаются самыми эффективными в осенне-зимний период, а также при ловле у дна на значительных глубинах. При ловле на вращающиеся блёсны большую роль зачастую играет размер блесны, на блёсны малого размера (№ 00 и менее) могут быть пойманы даже очень мелкие окуни (массой 5—7 г). Наиболее предпочтительной считается равномерная проводка блесны. Наиболее подходящая длина воблеров для ловли окуня составляет от 2,5 до 7 см. Из джиговых приманок главным образом применяются твистеры и виброхвосты. Отмечена привлекательность для окуня мягких приманок, насыщенных ароматизаторами. В последние годы в ловле окуня активно применяются разнесённые оснастки. Менее популярны при ловле окуня колеблющиеся блёсны, пилькеры, попперы, джиг-спиннеры, спиннербейты. Крупные колеблющиеся блёсны в ловле окуня используются редко, только при ловле крупного окуня, а также в малопосещаемых рыболовами водоёмах. Более подходящими для окуня считаются колеблющиеся блёсны размером 4 см и менее, которые используются при ловле в местах, заросших водной растительностью. Небольшие пилькеры считаются эффективными при использовании ступенчатой проводки. Попперы и другие поверхностные приманки относятся к менее эффективным приманкам и используются в летний период и начале осени. Джиг-спиннеры являются эффективными при береговой ловле в осенний период с использованием ступенчатой проводки. Применение спиннербейтов в ловле окуня ограничено их большими размерами, но в отдельных случаях приносит результат. Основными факторами, провоцирующими хватку окуня, называются тип приманки и метод проводки, цвет приманки является второстепенным фактором.
